MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Cyanothece sp. PCC 7424 plasmid pP742406

Total Repeats: 239

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011734	CTG	2	6	243	248	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218442343
2	NC_011734	CTG	2	6	396	401	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218442343
3	NC_011734	TGG	2	6	405	410	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	218442343
4	NC_011734	A	7	7	412	418	100 %	0 %	0 %	0 %	218442343
5	NC_011734	TAA	2	6	457	462	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442343
6	NC_011734	CTG	2	6	549	554	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218442343
7	NC_011734	TGG	2	6	558	563	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	218442343
8	NC_011734	A	7	7	565	571	100 %	0 %	0 %	0 %	218442343
9	NC_011734	ATC	2	6	643	648	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218442343
10	NC_011734	AGG	2	6	667	672	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	218442343
11	NC_011734	AGG	2	6	685	690	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	218442343
12	NC_011734	AGG	2	6	694	699	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	218442343
13	NC_011734	AGG	2	6	703	708	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	218442343
14	NC_011734	AGG	2	6	712	717	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	218442343
15	NC_011734	AAT	2	6	718	723	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442343
16	NC_011734	GCT	2	6	865	870	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218442343
17	NC_011734	CGT	2	6	882	887	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218442343
18	NC_011734	TCG	2	6	998	1003	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218442344
19	NC_011734	GGGT	2	8	1060	1067	0 %	25 %	75 %	0 %	218442344
20	NC_011734	TAA	2	6	1097	1102	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442344
21	NC_011734	AAC	2	6	1258	1263	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	218442344
22	NC_011734	TC	3	6	1280	1285	0 %	50 %	0 %	50 %	218442344
23	NC_011734	TA	3	6	1346	1351	50 %	50 %	0 %	0 %	218442344
24	NC_011734	GCT	2	6	1501	1506	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218442344
25	NC_011734	TCCA	2	8	1722	1729	25 %	25 %	0 %	50 %	218442344
26	NC_011734	ATC	2	6	1746	1751	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218442344
27	NC_011734	A	6	6	1811	1816	100 %	0 %	0 %	0 %	218442344
28	NC_011734	TCT	2	6	1879	1884	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218442344
29	NC_011734	GCT	2	6	1963	1968	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218442344
30	NC_011734	TAG	2	6	2066	2071	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442344
31	NC_011734	AGTT	2	8	2091	2098	25 %	50 %	25 %	0 %	218442344
32	NC_011734	TAA	2	6	2108	2113	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442344
33	NC_011734	TAA	3	9	2229	2237	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442344
34	NC_011734	TTC	2	6	3065	3070	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218442345
35	NC_011734	CTT	2	6	3136	3141	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218442345
36	NC_011734	CTG	2	6	3158	3163	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218442345
37	NC_011734	CTC	2	6	3200	3205	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	218442345
38	NC_011734	TAT	2	6	3214	3219	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442345
39	NC_011734	AAG	2	6	3244	3249	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	218442345
40	NC_011734	TCT	2	6	3285	3290	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218442345
41	NC_011734	TTC	2	6	3305	3310	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218442345
42	NC_011734	CCT	2	6	3330	3335	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	218442345
43	NC_011734	TTGA	2	8	3380	3387	25 %	50 %	25 %	0 %	218442345
44	NC_011734	C	6	6	3436	3441	0 %	0 %	0 %	100 %	218442345
45	NC_011734	GGC	2	6	3665	3670	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218442345
46	NC_011734	ATT	2	6	3707	3712	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442345
47	NC_011734	CAAAC	2	10	3727	3736	60 %	0 %	0 %	40 %	218442345
48	NC_011734	TAA	2	6	3797	3802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442345
49	NC_011734	CTC	2	6	3803	3808	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	218442345
50	NC_011734	CT	3	6	3928	3933	0 %	50 %	0 %	50 %	218442346
51	NC_011734	TTA	2	6	4009	4014	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442346
52	NC_011734	TGA	2	6	4024	4029	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442346
53	NC_011734	CAGATG	2	12	4149	4160	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	218442346
54	NC_011734	A	6	6	4193	4198	100 %	0 %	0 %	0 %	218442346
55	NC_011734	TAA	2	6	4202	4207	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442346
56	NC_011734	CTG	2	6	4394	4399	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218442347
57	NC_011734	AT	3	6	4546	4551	50 %	50 %	0 %	0 %	218442347
58	NC_011734	GGC	2	6	4630	4635	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218442347
59	NC_011734	GTCTG	2	10	4807	4816	0 %	40 %	40 %	20 %	218442347
60	NC_011734	TAA	2	6	4830	4835	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442347
61	NC_011734	C	6	6	4846	4851	0 %	0 %	0 %	100 %	218442347
62	NC_011734	TCT	2	6	4852	4857	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218442347
63	NC_011734	TCC	2	6	4863	4868	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	218442347
64	NC_011734	TTC	2	6	4893	4898	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218442347
65	NC_011734	CTC	2	6	4901	4906	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	218442347
66	NC_011734	GA	3	6	4922	4927	50 %	0 %	50 %	0 %	218442347
67	NC_011734	A	6	6	4927	4932	100 %	0 %	0 %	0 %	218442347
68	NC_011734	TCT	2	6	4941	4946	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218442347
69	NC_011734	TAC	2	6	4962	4967	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218442347
70	NC_011734	TAA	2	6	4983	4988	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442347
71	NC_011734	ATT	2	6	5071	5076	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442347
72	NC_011734	AAG	2	6	5134	5139	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	218442347
73	NC_011734	GAC	2	6	5215	5220	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218442347
74	NC_011734	CT	3	6	5242	5247	0 %	50 %	0 %	50 %	218442347
75	NC_011734	AT	3	6	5349	5354	50 %	50 %	0 %	0 %	218442347
76	NC_011734	TC	3	6	5365	5370	0 %	50 %	0 %	50 %	218442347
77	NC_011734	ATT	2	6	5383	5388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442347
78	NC_011734	CAA	2	6	5443	5448	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	218442347
79	NC_011734	TGA	2	6	5538	5543	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442347
80	NC_011734	TGG	2	6	5546	5551	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	218442347
81	NC_011734	AAG	2	6	5570	5575	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	218442347
82	NC_011734	TTTGGG	2	12	5584	5595	0 %	50 %	50 %	0 %	218442347
83	NC_011734	AAGT	2	8	5622	5629	50 %	25 %	25 %	0 %	218442347
84	NC_011734	TAGA	2	8	5642	5649	50 %	25 %	25 %	0 %	218442347
85	NC_011734	GATT	2	8	5652	5659	25 %	50 %	25 %	0 %	218442347
86	NC_011734	GTA	2	6	5674	5679	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442347
87	NC_011734	ATA	2	6	5741	5746	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442347
88	NC_011734	TAT	2	6	5777	5782	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442347
89	NC_011734	GTG	2	6	5797	5802	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	218442347
90	NC_011734	AGG	2	6	5873	5878	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	218442347
91	NC_011734	AAT	2	6	5911	5916	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442347
92	NC_011734	ATA	2	6	5939	5944	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442347
93	NC_011734	GAT	2	6	5974	5979	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442347
94	NC_011734	ATTTT	2	10	6023	6032	20 %	80 %	0 %	0 %	218442347
95	NC_011734	AG	3	6	6043	6048	50 %	0 %	50 %	0 %	218442347
96	NC_011734	CTG	2	6	6065	6070	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218442347
97	NC_011734	TAAT	2	8	6086	6093	50 %	50 %	0 %	0 %	218442347
98	NC_011734	TAT	2	6	6097	6102	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442347
99	NC_011734	GTTTTA	2	12	6115	6126	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	218442347
100	NC_011734	CGT	2	6	6138	6143	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218442347
101	NC_011734	AAT	2	6	6151	6156	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442347
102	NC_011734	TAA	2	6	6183	6188	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442347
103	NC_011734	ATG	2	6	6203	6208	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442347
104	NC_011734	ATT	2	6	6211	6216	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442347
105	NC_011734	GGC	2	6	6576	6581	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218442347
106	NC_011734	TAT	2	6	6609	6614	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442347
107	NC_011734	A	6	6	6623	6628	100 %	0 %	0 %	0 %	218442347
108	NC_011734	ACAGA	2	10	6709	6718	60 %	0 %	20 %	20 %	218442347
109	NC_011734	ACG	2	6	6783	6788	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218442347
110	NC_011734	A	6	6	6814	6819	100 %	0 %	0 %	0 %	218442347
111	NC_011734	CTT	2	6	6839	6844	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218442347
112	NC_011734	GAT	2	6	6856	6861	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442347
113	NC_011734	CTA	2	6	6888	6893	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218442347
114	NC_011734	AG	3	6	6924	6929	50 %	0 %	50 %	0 %	218442347
115	NC_011734	TAA	2	6	6987	6992	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442347
116	NC_011734	GGA	2	6	7056	7061	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	218442347
117	NC_011734	TTG	2	6	7100	7105	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	218442347
118	NC_011734	AGG	2	6	7106	7111	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	218442347
119	NC_011734	GAA	2	6	7134	7139	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	218442347
120	NC_011734	TAG	2	6	7155	7160	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442347
121	NC_011734	TAA	2	6	7185	7190	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442347
122	NC_011734	CGA	2	6	7249	7254	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218442347
123	NC_011734	TAGGTT	2	12	7275	7286	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	218442347
124	NC_011734	ATC	2	6	7289	7294	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218442347
125	NC_011734	GAG	2	6	7303	7308	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	218442347
126	NC_011734	TTG	2	6	7866	7871	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	218442348
127	NC_011734	GCC	2	6	7897	7902	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218442348
128	NC_011734	AAT	2	6	7944	7949	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442348
129	NC_011734	AAT	2	6	7953	7958	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442348
130	NC_011734	TCC	2	6	7959	7964	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	218442348
131	NC_011734	TAT	2	6	7973	7978	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442348
132	NC_011734	TAT	2	6	8030	8035	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442348
133	NC_011734	TAGTA	2	10	8106	8115	40 %	40 %	20 %	0 %	218442348
134	NC_011734	GTT	2	6	8186	8191	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	218442348
135	NC_011734	CAT	2	6	8202	8207	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218442348
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137	NC_011734	TTA	2	6	8236	8241	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442348
138	NC_011734	CAG	2	6	8255	8260	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218442348
139	NC_011734	TGT	2	6	8299	8304	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	218442348
140	NC_011734	TAGTG	2	10	8309	8318	20 %	40 %	40 %	0 %	218442348
141	NC_011734	TA	3	6	8354	8359	50 %	50 %	0 %	0 %	218442348
142	NC_011734	T	8	8	8460	8467	0 %	100 %	0 %	0 %	218442348
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146	NC_011734	TC	3	6	8556	8561	0 %	50 %	0 %	50 %	218442348
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150	NC_011734	TGT	2	6	8701	8706	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	218442348
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157	NC_011734	GTTG	2	8	9046	9053	0 %	50 %	50 %	0 %	218442348
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163	NC_011734	TTGG	2	8	9219	9226	0 %	50 %	50 %	0 %	218442348
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.